Закон об АУ был подписан в конце 2006 года тогдашним президентом Владимиром Путиным. Автономными признавались учреждения, созданные федеральными или региональными властями в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, занятости населения, физической культуры и спорта.

В мае 2010 года президент Дмитрий Медведев подписал закон "О внесении изменений в отдельные законодательные акты РФ в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений". Он предусматривал разделение государственных и муниципальных учреждений на казенные, автономные и бюджетные. При этом бюджетные организации получали право самостоятельно распоряжаться своими доходами, но теряли возможность получать гарантированное бюджетное финансирование в полном объеме.

При этом, как указывает издание, в 2010 году перечень сфер, где могли создаваться АУ, был ограничен, и в него не попали, к примеру, СМИ. Между тем, как подсчитал Минфин, они составляют 33 процента от общего числа АУ в России. Нынешними поправками, внесенными в Госдуму, автономные СМИ будут избавлены от необходимости проходить реорганизацию или ликвидироваться.

Согласно данным Минэкономразвития, в настоящее время в России существует 4,1 тысячи государственных и муниципальных автономных учреждений. При этом из 230 тысяч госучреждений социальной сферы 98 процентов составляют бюджетные и казенные, и только 2 процента приходится на автономные.